Ondanks de sterke punten heeft de Bresser SpaceExplorer 90/900 EQ ook duidelijke beperkingen waar je je bewust van moet zijn. Allereerst is het een achromatische refractor: bij contrastrijke randen en hoge vergrotingen treedt chromatische aberratie op. Dat uit zich als een violet-blauwe franje rond heldere objecten zoals de maanranden of planeetkanten. Voor veel beginners is dit niet storend genoeg om een dealbreaker te zijn, maar wie kritisch is op kleurfouten of wie serieuze fotografische projecten wil ondernemen, zal uiteindelijk naar een apochromaat of spiegeltelecoop willen upgraden.
De EQ3 montering is functioneel en leerzaam, maar heeft beperkingen in draagkracht en stabiliteit vergeleken met zwaardere mechanieken. Bij hoge vergrotingen en in winderige omstandigheden zie je sneller trillingen en kan fijn bijsturen lastiger zijn. Daarnaast ontbreekt vaak een aandrijving voor automatische volgning in het basispakket, waardoor langdurig volgen handmatig blijft en astrofotografie met lange belichtingstijden niet haalbaar is zonder extra motoren of accessoires.
Verder is het gezichtsveld door de vrij lange brandpuntsafstand relatief klein, waardoor heldere, uitgestrekte deep-sky objecten minder indrukwekkend overkomen. De meegeleverde oculairs en Barlow zijn handig, maar kwalitatief gemiddeld; wie het uiterste uit de optiek wil halen, zal later investeren in betere oculairs en een degelijkere zoeker. Tot slot is draagbaarheid en gewicht redelijk, maar niet ideaal voor wie vaak verre locaties wil bezoeken: het geheel is niet extreem zwaar, maar vereist wel een beetje inspanning bij transport en opstelling.